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柱式土壤DNA提取试剂盒

柱式土壤DNA提取试剂盒

简要描述:

柱式土壤DNA提取试剂盒

英文名称:Column Soil DNAOUT

运输:常温

保存:常温

有效期:1年

货期:1-2天

其他:

产品时间:2020-03-25

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柱式土壤DNA提取试剂盒

产品介绍:

柱式法提取土壤中的微生物DNA

柱式土壤DNA提取试剂盒

产品及特点 

本产品是本公司土壤 DNA提取试剂盒的柱式升级产品,专门用于从

各种土壤样品和河海沉积物中提取高质量的 DNA 的试剂。跟土壤 DNA相比它

具有下列特点:

1. 去污染效果更好,得到的 DNA 可以直接作为 PCR 模板或酶切,不需要再进行

去腐殖酸处理。

2. 操作过程更加简单快速,整个操作只需要 10 多分钟,扩容性好。

3. 产量高,每克土壤一般可以提取到 5-50 ug DNA,片段长度在 20-50 Kb,

OD260/280 一般都在 1.8 以上。

4. 适合于各种土壤(包括河海沉积物)。

 

自备试剂 绿仿。

使用方法 1. 65℃预热柱式土壤 DNAout 溶液 A,待其沉淀溶化后充分混匀,取 0.5 mL 加

入到 1.5 mL 塑料离心管中并放置于 65℃待用。

2. 称取 0.1-0.3 g 的土壤,加入到装有预热的柱式土壤 DNAout 溶液 A 的离心管

中,震荡器上剧烈震荡 5-10 分钟。如果是扩量操作,可以使用更多土壤和较

大离心管。也可以将同一种土壤在较大离心管中震荡处理,然后再分到 1.5 mL

离心管中。注意:不论使用大的还是小的离心管,一定要让管底的土壤震荡起来。

3. 将离心管置于 65℃水浴中保温至少 5 分钟。

4. 12000-15000 g 室温离心 3 分钟,将上清转移到一新离心管中(上清液一般呈

淡黄色或深棕色,实际颜色取决于腐殖酸的含量,上清液的体积一般为

300-400 μL)。

5. 在上清液中加入等体积的柱式土壤 DNAout 溶液 B,上下颠倒 30 秒充分混匀,

溶液将呈白色或淡黄色混浊状。

6. 将离心管冰浴至少 5 分钟。

7. 12000-15000 g 室温离心 3 分钟,转移上清到新的 1.5 mL 离心管中,上清

液颜色将比第 4 步得到的上清的颜色稍淡,体积在 0.7 mL 左右。

注意:下面第 8-第 9 步的绿仿抽提操作可以省略,直接进入第 10 步,但 DNA 的

产量会低 50%左右,OD260/280 在 1.7-1.8。如果直接进入第 10 步,则转移的

溶液体积不要超过 0.6 mL,否则没有空间加 A 型通用上柱液。

8. 加入 0.2 mL 的绿仿(自备),震荡器上充分振荡 30 秒混匀。注意:一定要让管底

的溶液震荡起来。

9. 12000-15000 g 室温离心 3 分钟,小心转移上清到新离心管中。说明:离心

后两相交界面将有白色膜状物,其中有机相部分颜色较深,一般呈淡棕色。上

清的颜色取决于土壤中腐殖酸的含量。将上清转移到新的 1.5 mL 离心管时,

不要超过 0.6 mL,否则没有空间加溶液 C。如果有多余的可以弃之不用。

10. 加入 1.5 倍体积的 A 型通用上柱液,上下颠倒 30 秒混匀。

11. 分两次上柱(即先转移一半的混合液到离心吸附柱中,12000-15000 g 室温

离心半分钟,弃穿透液,然后再将剩下的混合液到离心吸附柱中,12000-15000

g 室温离心半分钟,弃穿透液)。

12. 加 0.7 mL 通用洗柱液到离心吸附柱中,12000-15000 g 室温离心半分钟,弃

穿透液。

13. 再加 0.3 mL 通用洗柱液到离心吸附柱中,12000-15000 g 室温离心半分钟,

弃穿透液。增加一步洗涤能使后得到的 DNA 的纯度稍有提高。

14. 12000-15000 g 室温再离心半分钟。此步十分重要,否则残留的通用洗柱液

会污染 DNA。

15. 将离心吸附柱转移到一新的 1.5 mL 塑料离心管中,加入 50uL DNA 洗脱液

2.0。

16. 室温放置离心吸附柱 1-2 分钟。

17. 12000-15000 g 室温离心半分钟,离心管中溶液即为提取到的 DNA 样品,可

以立即使用或存放于冰箱待用。

疑难解答 Q: 如何判断提取的DNA没有腐植酸污染?

A:方法一是目测法,即看得到的溶液是否无色。如果呈淡棕黑色或淡黄色,说明可

能是少量残留的未除尽的腐植酸。方法二是检测大光吸收。注意:有腐植酸污

染并不表示 DNA 不能使用,有的腐殖酸并不抑制 PCR 扩增。

Q: 腐殖酸的大吸收波长是多少?

A:腐植酸(humic acid)是一大类呈棕黑色或黑色的物质,其结构千差万别,土

壤中腐殖酸的组成和特点随土壤不同而不同,所以其大吸收波长也各不相同,

有的土壤的腐殖酸在 260 nm 有大吸收(见 Appl.Environ. Microbiol., 63:

4993,1997),有的则在 340 nm。所以用特定的波长测定 OD 值时波长的选

定要根据土壤而决定。Sigma, Fluke 等公司出售的腐植酸产品成分一般比较简

单,其大吸收波长不能推广到成分更为复杂的土壤腐殖酸样品。

Q: 是否腐植酸都会抑制后续的 DNA 反应?

A:否,因为腐植酸是一大类物质的统称,他们的结构和特性各不相同,所以是否对

后续反应有影响好通过实验来验证。如果用提取的 DNA 溶液原液进行反应而

反应没发生,而对照样品(已知的不含污染的 DNA)能够发生,说明可能抑制

作用。

 

 

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